L'Istituto nasce nel 1980 come II Circolo Didattico rimanendo tale fino al 1°settembre 2000 quando, per effetto del dimensionamento, si sdoppiò e acquistò la denominazione di “IV Circolo Didattico”, conservando la denominazione "Don Lorenzo Milani". Da allora si sono susseguite numerose dirigenze più o meno stabili nel tempo, fino all' a.s. 2013/14 quando un nuovo dimensionamento interessò l’Istituto con l'acquisizione del plesso di Scuola secondaria "Mario Napoli", staccatosi dall'Istituto "Gadda": nasceva così l'Istituto Comprensivo ad indirizzo musicale "Don Lorenzo Milani".
L'istituto, a partire dal 1 settembre 2023, è organizzato con le seguenti sedi:
- Due sedi di scuola dell'infanzia: “F. S. Gentile” e “Caselanno”;
- Due sedi di scuola primaria: “F. S. Gentile” e “Don Milani”;
- Una sede di scuola secondaria di I° grado: “Mario Napoli”.